Ao instalá-lo pelo comando:
aptitude install phpmyadmin ou apt-get install phpmyadmin
Os arquivos php para acesso via apache serão colocados na pasta /usr/share/phpmyadmin, sendo que a pasta comum de www do Apache fica em /var/www.
Para resolver isto de forma simples e sem precisar alterar a configuração do apache para apontar para a pasta /usr/share/phpmyadmin, simplesmente copie através do Terminal desta maneira:
cp -r /usr/share/phpmyadmin/ /var/www/phpmyadmin